Μετά τη συγκομιδή των αμυγδάλων γίνεται η αποφλοίωση τους (απομάκρυνση του πράσινου περιβλήματος) σε ειδικά αποφλοιωτικά μηχανήματα.

Κατόπιν ακολουθεί η ξήρανση που γίνεται με άπλωμα των καρπών στον ήλιο ή σε ξηραντήριο με θερμοκρασία αέρα 42-43 βαθμούς C ή χαμηλότερη.

Ο βαθμός στεγνώματος έχει μεγάλη σημασία τόσο για την διατήρηση των καρπών στην αποθήκη,όσο και για την καλή θραύση τους στους αμυγδαλοσπαστήρες.

Το ποσοστό υγρασίας των αποξηραμένων αμυγδάλων πρέπει να είναι έως 10% και κατά προτίμηση 5-7%. Η περιεκτικότητα της ξηρής ψίχας σε υγρασία πρέπει να είναι 5-6,3%,για να διατηρηθεί καλά στην αποθήκη. Ξηρή θεωρείται η ψίχα όταν στην πίεση μεταξύ των δακτύλων σπάει χωρίς να λυγίζει. Τα αμύγδαλα με κέλυφος θεωρούνται καλά αποξηραμένα όταν κινούμενα από το ένα χέρι στο άλλο,αποδίδουν τον χαρακτηριστικό ήχο "κουδουνίσματος".

Η συντήρηση της αμυγδαλόψιχας είναι εύκολη εάν ξηρανθεί και δεν λευκανθεί,σε θερμοκρασία από 0 έως 4,4 βαθμούς C.

Παράγοντες που επηρεάζουν τη διάρκεια ζωής των αμυγδάλων στην αποθήκη είναι:

• περιεκτικότητα σε υγρασία

  σχετική υγρασία (65%) και θερμοκρασία του χώρου:   

  αμύγδαλα με κέλυφος διατηρούνται 

  πάνω από 20 μήνες σε 0 βαθμούς C

          16 μήνες σε                10              C

          8  μήνες σε                20              C  

• σύσταση του ατμοσφαιρικού αέρα

  Εξ' αιτίας της υψηλής περιεκτικότητας σε λάδι,η ψίχα απορροφά εύκολα οσμές από το περιβάλλον και γι' αυτό δεν πρέπει να αποθηκεύονται μαζί με σκόρδα,κρεμμύδια,τυρί,κρέας ή άλλα προϊόντα με δυνατή οσμή.

  Επίσης όταν η αποθήκευση γίνεται σε ελεγχόμενες συνθήκες ατμόσφαιρας η περιεκτικότητα του αέρα σε οξυγόνο πρέπει να είναι 0,5% ή χαμηλότερη.
  
    

• έντομα: Ο αποθηκευτικός χώρος πρέπει να είναι απαλλαγμένος απο την παρουσία εντόμων και να παίρνονται μέτρα για την αποφυγή εισόδου τους (π.χ. ψιλή σίτα στα παράθυρα της αποθήκης).